Nathan se trouve cette fois plongé dans le passé et va devoir triompher de Yo-kai maléfiques, bien décidés à briser le lien d'amitié que notre héros a noué avec les Yo-kai. Avec l'aide de ses fidèles compagnons, Whisper et Jibanyan, et de son grand-père, Nathan va devoir découvrir comment la première Yo-kai Watch a été créée.
